Приветствую.
У меня такая же ситуация. Не работают USB-порты на материнской плате (кстати ASUS P4P800 SE). Питание на порты подается. И самое смешное, что USB-контроллер, встроенный на материнской плате, определяется виндой. А устройства, которые подключены к USB - нет. Дроваот контроллера много раз переставлял, как собственно и Винду.
Как-то спрашивал на форумах народ. Говорили и советовали много чего. Но в общем все сошлись на том - что виноват южный мост.
Выход из ситуации - купить PCI-контроллер. Я себе купил
http://shop.key.ru/shop/goods/55289/P.S. USB-контроллер, который на материнке, я просто вырубил.